Medrese Mahallesi’nin kuzeyinde yer almaktadır. 1385 yılında Melik Necmeddin İsa tarafından yaptırılmıştır. “Sultan İsa Medresesi” adı ile de tanınır. Timur ve ordusuyla mücadele etmiş olan Melik İsa bir süre bu medresede hapsedilmiştir.

Girişindeki taş işlemeler ve dilimli kubbeleriyle dikkat çeken medrese iki avlulu ve iki katlı olup, avluların dışında kalan mekanlar iyice yayılmıştır. Medresede Sultan İsa Türbesi ve birçok eski kitabe mevcuttur. Medrese aynı zamanda rasathane olarak kullanılması dolayısıyla yüksekte kurulmuştur. Bu yapı, geçmişte müze olarak da kullanılmıştır.