Selçuk Bayraktaroğlu, 1981 yılında Kara Harp Okulundan muhabere teğmen olarak mezun olduktan sonra 1982 yılında da sınıf okulu eğitimini tamamladı. 

1982-1991 yılları arasında çeşitli muhabere birliklerinde takım ve bölük komutanlığı görevlerinde bulunan Bayraktaroğlu, 1993 yılında Kara Harp Akademisi'nden, 1997 yılında Silahlı Kuvvetler Akademisi'nden mezun oldu. 

Kurmay subay olarak 1993-2009 yılları arasında muhtelif kıta ve karargâh görevlerini icra etmeyi müteakip, 2009 yılında tuğgeneralliğe terfi etti. 

Tuğgeneral rütbesiyle;

2009-2011 yılları arasında 9’uncu Komando Tugay Komutanlığı,

2011-2013 yılları arasında Kara Kuvvetleri Lojistik Komutanlığında Mühimmat Komutanlığı görevlerini yürütmüş ve 2013 yılında tümgeneralliğe terfi etmiştir.

Tümgeneral rütbesiyle;

2013-2014 yıllarında Genelkurmay MEBS ve Siber Savunma Komutanlığı,

2014-2016 yılları arasında ise 3’üncü Ordu Kurmay Başkanlığı görevlerinde bulunmuş ve 2016 yılında korgeneralliğe terfi etmiştir.

Korgeneral rütbesiyle 2016-2020 yılları arasında Genelkurmay Personel Başkanlığı görevini icra etti.

9 Ocak 2020 tarihi itibarıyla Genelkurmay II. Başkanlığı görevini üstlendi ve 2021 yılı Yüksek Askerî Şûra kararlarıyla orgeneral rütbesine terfi etti. 

Bayraktaroğlu, 3 Ağustos 2023 tarihinde onaylanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı görevine atanmıştır.