Mardin Vakfı ve Erbakan Vakfının kurucuları arasında olan ve Refah Partisi MKYK üyesi ile Saadet Partisi GİK üyesi olan araştırmacı yazar Doğan Bekin, "Mardin Artuklu Üniversitesi Rektörü Ahmet Ağırakça'nın artık MAÜ ve bu bağlamda Mardin'i ve Mardinlileri temsil yetkisi kalmamıştır. Bir an önce istifa etmesi veya YÖK'ün gereğini yapması gerekmektedir. MAÜ Rektörü'nün siyasi bir yapının temsilcisi değil, YÖK 'ün ve üniversitenin temsilcisi olması gerekmekteydi. Artık tarafsızlığını tamamen yitirmiştir. Tüm sağduyu sahibi Mardin milletvekillerini göreve davet ediyoruz. Tarafsız olmayan , öğretim üyeleri arasında da ayrıştırıcı olduğu iddia edilen ve siyasete tamamen angaje olmuş bu rektörün artık MAÜ'nde görev yapması Mardin'e zarardan başka fayda getirmez."açıklamasında bulundular.
Kendisini 28 Şubat mağduru olarak gösteren Rektör Ağırakça'ya Sosyal Medya hesabından tepki gösteren Bekin, "Maalesef, bu profesör 28 Şubat sürecinde, İÜ.Rektör Alemdaroğlu'na da şirin gözükebilmek için "Beyaz Sakallarını Kesen" , emekliliği geldikten sonra da oradan yasal olarak ayrılan ve daha sonra 28 Şubat mağduru olduğunu tüm kesimlere inandırmaya çalışandır. Bu üniversite sadece belirli bir kesimin değil, tüm toplumun üniversitesidir. Burada görev yapan rektör de, tarafsız olmalıdır. Sonra sizin savunmaya kalktığınız rektör, Kemal Alemdaroğlu döneminde " sandalyeyi kaybetmeme uğruna sakalını kesen kişi değil miydi? Buna rağmen 28 şubat mağduru olarak ortaya çıkan kişi değil miydi? Yoksa , sakalını kestiği için mi 28 şubat mağduru ilan etti kendisini. Daha düne kadar, Fethullah Gülen'in danışmanlığını yapan kişi değil miydi? İnsanın belirli bir görüşe sahip olması, başka görüştekileri yok sayması anlamına gelmemesi gerekmez mi? hele hele her kesimden akademisyen ve öğrencilerden müteşekkil bir üniversitenin başında görev yapıyorsa. Ahmet Bey'in bir üniversitenin başında rektör olması ve herkese eşit mesafede olmasıdır. Ona bir siyasetçi gibi davranma hakkını hiç kimse vermemiştir. Oraya akademik hizmet yapması için atanmıştır, siyaset yapsın diye değil. Eğer ki, siyaseti o kadar çok seviyorsa cübbesini çıkarır ve siyasi arenaya iner. Biz burada 2019'da ne olacak ,ne olmayacak şeklindeki soyut kavramları veya siyaseti değil, gerçekleri ifade etmeye çalışıyoruz. Ayrıca Mardin Artuklu Üniversitesi, bir siyasi partinin değil, devletin üniversitesidir. Bu nedenle , orada görev yapmakta olan bir rektörün, siyasi bir parti sözcülüğüne soyunma hakkını hiç kimse kendisine veremez. Rektör tarafsızlığını tamamen yitirmiş olup, aslında o makamı bir an önce bırakması da en gerçekçi davranış biçimi olsa gerek. Erdemli olabilmek te bunu gerektirmektedir."yorumlarını yaptı.
Mardin'de muhtarlık yapan Ferhan Çalhan da "Tarafsız olmayan , öğretim üyeleri arasında da ayrıştırıcı olduğu iddia edilen ve siyasete tamamen angaje olmuş Ahmet Ağırakça rektörümüzün artık Mardin'e zarardan başka fayda getirmediği MAÜ Rektörü'nün siyasi bir yapının temsilcisi değil, YÖK 'ün ve üniversitenin temsilcisi olması gerekmektedir. Artık tarafsızlığını tamamen yitirmiştir. Biran önce istifa etmesi veya YÖK'ün gereğini yapması gerekmektedir."yorumunu yaptı.
Sosyal Medya üzerinden tepki gösterenler arasında yer alan Mehmet Elveren ise "Fatih'te Arapça eğitim veren kurumun kuruluşu incelenirse bey efendini bahsettiği hırsızlık olayı ile ilgili çok şey bulunulacağını söyleyebilirim"yorumunu yaptı.
Kendi facebook sayfasında yazdığı yorumla Rektör Ağırakça'ya tepki gösterenler arasında bulunan Mardin Eski İl Genel Meclis Başkanı Abdulmuttalip Bilgicoğlu, "Latifiye Cami avlusunda dinledim bu adamı. Bilim adamı demek için bin şahit lazım. Refah Partisi ve Rahmetli Erbakan'ı haksız bir şekilde tenkit etti. Ben ve birkaç arkadaş tepki olsun diye orayı terk ettik. Şimdi ise AK Parti hamiliğine soyunmuş."ifadelerini kullandı.